Редкий вид, в России гнездится только на северном побережье Кольского полуострова. Гнездовые колонии размещаются только на прибрежных высоких, отвесных скалах островов и морских побережий материка. Гнезда устраиваются на небольших уступах, в расщелинах, на карнизах, в нишах, под большими глыбами, обычно в 15—20 метрах от вершины. Гнезда баклана — большие, громоздкие, небрежные постройки из ветвей ивы, можжевельника и сухой травы. Хохлатый баклан связан с сушей только в период размножения, остальное время проводит в море близ берегов. Максимальная численность баклана на Мурманском побережье зарегистрирована в 1960 году, когда удалось учесть 840 пар. В настоящее же время численность вида сократилась здесь почти в четыре раза и оценивается в 150—200 пар, возможно, несколько больше.